Ο Μεγάλος Πολυβώτης προέκυψε από τον πρώιμο και ισχυρότερο υδροθερμικό εκρηκτικό κύκλο της περιοχής του Λόφου.
Πρόκειται για έναν ελλειπτικό κρατήρα (180x350m) και τα προϊόντα του, πάχους 3-5 m, καλύπτονται εν μέρει από προϊόντα του Φλέγεθρου, τα οποία προήλθαν από μεταγενέστερο γεγονός. Το υλικό του κρατήρα αποτελείται από εξαλλοιωμένα θραύσματα λάβας και ρυοδακιτικά μπλοκ σε αργιλώδες έως αμμώδες συνδετικό υλικό. Τα μπλοκ λάβας περιβάλλονται από καφέ-κόκκινες όξινες επιστρώσεις και τέμνονται από φλέβες ανυδρίτη. Τα τοιχώματά του παρουσιάζουν στρωματογραφία παρόμοια με εκείνη του Στεφάνου, με λιμναία ιζήματα και μη στερεοποιημένο αργιλικό υλικό στον πυθμένα, έως χαοτικές αποθέσεις προγενέστερων μαγματικών προϊόντων στο ανώτερο τμήμα. Ο δυτικός τομέας του πυθμένα του κρατήρα μετατρέπεται συνήθως σε λίμνη μετά από έντονες βροχοπτώσεις και αποτελείται από κίτρινα και μωβ ποικιλόχρωμα αργιλικά στρώματα πάχους 1,5 m, τα οποία υποδηλώνουν την παρουσία μιας παλαιάς λίμνης.